1.介紹
Numba 是 python 的即時(shí)(Just-in-time)編譯器,即當(dāng)你調(diào)用 python 函數(shù)時(shí),你的全部或部分代碼就會被轉(zhuǎn)換為“即時(shí)”執(zhí)行的機(jī)器碼,它將以你的本地機(jī)器碼速度運(yùn)行!它由 Anaconda 公司贊助,并得到了許多其他組織的支持。
在 Numba 的幫助下,你可以加速所有計(jì)算負(fù)載比較大的 python 函數(shù)(例如循環(huán))。它還支持 numpy 庫!所以,你也可以在你的計(jì)算中使用 numpy,并加快整體計(jì)算,因?yàn)?python 中的循環(huán)非常慢。你還可以使用 python 標(biāo)準(zhǔn)庫中的 math 庫的許多函數(shù),如 sqrt 等。有關(guān)所有兼容函數(shù)的完整列表,請查看 此處。
2.為什么選擇 Numba?
那么,當(dāng)有像 cython 和 Pypy 之類的許多其他編譯器時(shí),為什么要選擇 numba?
原因很簡單,這樣你就不必離開寫 python 代碼的舒適區(qū)。是的,就是這樣,你根本不需要為了獲得一些的加速來改變你的代碼,這與你從類似的具有類型定義的 cython 代碼獲得的加速相當(dāng)。那不是很好嗎?
你只需要添加一個(gè)熟悉的 python 功能,即添加一個(gè)包裝器(一個(gè)裝飾器)到你的函數(shù)上。類的裝飾器也在開發(fā)中了。
所以,你只需要添加一個(gè)裝飾器就可以了。例如:
這仍然看起來像一個(gè)原生 python 代碼,不是嗎?
3.如何使用 Numba?
Numba 使用 LLVM 編譯器基礎(chǔ)結(jié)構(gòu) 將原生 python 代碼轉(zhuǎn)換成優(yōu)化的機(jī)器碼。使用 numba 運(yùn)行代碼的速度可與 C/C++ 或 Fortran 中的類似代碼相媲美。
以下是代碼的編譯方式:
首先,Python 函數(shù)被傳入,優(yōu)化并轉(zhuǎn)換為 numba 的中間表達(dá),然后在類型推斷(type inference)之后,就像 numpy 的類型推斷(所以 python float 是一個(gè) float64),它被轉(zhuǎn)換為 LLVM 可解釋代碼。然后將此代碼提供給 LLVM 的即時(shí)編譯器以生成機(jī)器碼。
你可以根據(jù)需要在運(yùn)行時(shí)或?qū)霑r(shí) 生成 機(jī)器碼,導(dǎo)入需要在 CPU(默認(rèn))或 GPU 上進(jìn)行。
4.使用 numba 的基本功能
(只需要加上 @jit !)
為了獲得最佳性能,numba 實(shí)際上建議在你的 jit 裝飾器中加上 nopython=True 參數(shù),加上后就不會使用 Python 解釋器了?;蛘吣阋部梢允褂?@njit。如果你加上 nopython=True的裝飾器失敗并報(bào)錯(cuò),你可以用簡單的 @jit 裝飾器來編譯你的部分代碼,對于它能夠編譯的代碼,將它們轉(zhuǎn)換為函數(shù),并編譯成機(jī)器碼。然后將其余部分代碼提供給 python 解釋器。
所以,你只需要這樣做:
當(dāng)使用 @jit 時(shí),請確保你的代碼有 numba 可以編譯的內(nèi)容,比如包含庫(numpy)和它支持的函數(shù)的計(jì)算密集型循環(huán)。否則它將不會編譯任何東西,并且你的代碼將比沒有使用 numba 時(shí)更慢,因?yàn)榇嬖?numba 內(nèi)部代碼檢查的額外開銷。
還有更好的一點(diǎn)是,numba 會對首次作為機(jī)器碼使用后的函數(shù)進(jìn)行緩存。因此,在第一次使用之后它將更快,因?yàn)樗恍枰俅尉幾g這些代碼,如果你使用的是和之前相同的參數(shù)類型。
如果你的代碼是 可并行化 的,你也可以傳遞 parallel=True 作為參數(shù),但它必須與 nopython=True 一起使用,目前這只適用于CPU。
你還可以指定希望函數(shù)具有的函數(shù)簽名,但是這樣就不會對你提供的任何其他類型的參數(shù)進(jìn)行編譯。例如:
現(xiàn)在你的函數(shù)只能接收兩個(gè) int32 類型的參數(shù)并返回一個(gè) int32 類型的值。通過這種方式,你可以更好地控制你的函數(shù)。如果需要,你甚至可以傳遞多個(gè)函數(shù)簽名。
你還可以使用 numba 提供的其他裝飾器:
@vectorize:允許將標(biāo)量參數(shù)作為 numpy 的 ufuncs 使用,
@guvectorize:生成 NumPy 廣義上的 ufuncs,
@stencil:定義一個(gè)函數(shù)使其成為 stencil 類型操作的核函數(shù)
@jitclass:用于 jit 類,
@cfunc:聲明一個(gè)函數(shù)用于本地回調(diào)(被C/C++等調(diào)用),
@overload:注冊你自己的函數(shù)實(shí)現(xiàn),以便在 nopython 模式下使用,例如:@overload(scipy.special.j0)。
Numba 還有 Ahead of time(AOT)編譯,它生成不依賴于 Numba 的已編譯擴(kuò)展模塊。但:
它只允許常規(guī)函數(shù)(ufuncs 就不行),
你必須指定函數(shù)簽名。并且你只能指定一種簽名,如果需要指定多個(gè)簽名,需要使用不同的名字。
它還根據(jù)你的CPU架構(gòu)系列生成通用代碼。
5.@vectorize 裝飾器
通過使用 @vectorize 裝飾器,你可以對僅能對標(biāo)量操作的函數(shù)進(jìn)行轉(zhuǎn)換,例如,如果你使用的是僅適用于標(biāo)量的 python 的 math 庫,則轉(zhuǎn)換后就可以用于數(shù)組。這提供了類似于 numpy 數(shù)組運(yùn)算(ufuncs)的速度。例如:
你還可以將 target 參數(shù)傳遞給此裝飾器,該裝飾器使 target 參數(shù)為 parallel 時(shí)用于并行化代碼,為 cuda 時(shí)用于在 cudaGPU 上運(yùn)行代碼。
使 target=“parallel” 或 “cuda” 進(jìn)行矢量化通常比 numpy 實(shí)現(xiàn)的代碼運(yùn)行得更快,只要你的代碼具有足夠的計(jì)算密度或者數(shù)組足夠大。如果不是,那么由于創(chuàng)建線程以及將元素分配到不同線程需要額外的開銷,因此可能耗時(shí)更長。所以運(yùn)算量應(yīng)該足夠大,才能獲得明顯的加速。
這個(gè)視頻講述了一個(gè)用 Numba 加速用于計(jì)算流體動(dòng)力學(xué)的Navier Stokes方程的例子:
6.在GPU上運(yùn)行函數(shù)
你也可以像裝飾器一樣傳遞 @jit 來運(yùn)行 cuda/GPU 上的函數(shù)。為此你必須從 numba 庫中導(dǎo)入 cuda。但是要在 GPU 上運(yùn)行代碼并不像之前那么容易。為了在 GPU 上的數(shù)百甚至數(shù)千個(gè)線程上運(yùn)行函數(shù),需要先做一些初始計(jì)算。實(shí)際上,你必須聲明并管理網(wǎng)格,塊和線程的層次結(jié)構(gòu)。這并不那么難。
要在GPU上執(zhí)行函數(shù),你必須定義一個(gè)叫做 核函數(shù) 或 設(shè)備函數(shù) 的函數(shù)。首先讓我們來看 核函數(shù)。
關(guān)于核函數(shù)要記住一些要點(diǎn):
核函數(shù)在被調(diào)用時(shí)要顯式聲明其線程層次結(jié)構(gòu),即塊的數(shù)量和每塊的線程數(shù)量。你可以編譯一次核函數(shù),然后用不同的塊和網(wǎng)格大小多次調(diào)用它。
核函數(shù)沒有返回值。因此,要么必須對原始數(shù)組進(jìn)行更改,要么傳遞另一個(gè)數(shù)組來存儲結(jié)果。為了計(jì)算標(biāo)量,你必須傳遞單元素?cái)?shù)組。
因此,要啟動(dòng)核函數(shù),你必須傳入兩個(gè)參數(shù):
每塊的線程數(shù),
塊的數(shù)量。
例如:
每個(gè)線程中的核函數(shù)必須知道它在哪個(gè)線程中,以便了解它負(fù)責(zé)數(shù)組的哪些元素。Numba 只需調(diào)用一次即可輕松獲得這些元素的位置。
為了節(jié)省將 numpy 數(shù)組復(fù)制到指定設(shè)備,然后又將結(jié)果存儲到 numpy 數(shù)組中所浪費(fèi)的時(shí)間,Numba 提供了一些 函數(shù) 來聲明并將數(shù)組送到指定設(shè)備,如:numba.cuda.device_array,numba.cuda。device_array_like,numba.cuda.to_device 等函數(shù)來節(jié)省不必要的復(fù)制到 cpu 的時(shí)間(除非必要)。
另一方面,設(shè)備函數(shù) 只能從設(shè)備內(nèi)部(通過核函數(shù)或其他設(shè)備函數(shù))調(diào)用。比較好的一點(diǎn)是,你可以從 設(shè)備函數(shù) 中返
你還應(yīng)該在這里查看 Numba 的 cuda 庫支持的功能。
Numba 在其 cuda 庫中也有自己的原子操作,隨機(jī)數(shù)生成器,共享內(nèi)存實(shí)現(xiàn)(以加快數(shù)據(jù)的訪問)等功能。
ctypes/cffi/cython 的互用性:
cffi – 在 nopython 模式下支持調(diào)用 CFFI 函數(shù)。
ctypes – 在 nopython 模式下支持調(diào)用 ctypes 包裝函數(shù)。
Cython 導(dǎo)出的函數(shù)是 可調(diào)用的。