一、org.Hs.eg.db包載入失敗的原因

1、包未安裝

在使用 org.Hs.eg.db 包之前，需要確保已將其正確安裝到本地計算機(jī)?？梢酝ㄟ^ Bioconductor 官網(wǎng)提供的命令行方式或者在 R 語言環(huán)境下的命令來完成安裝操作。

解決方法：確認(rèn) org.Hs.eg.db 包已經(jīng)正確安裝，并通過 sessionInfo() 函數(shù)查看其所依賴的其他包是否正確安裝。

2、依賴包未安裝

在安裝 org.Hs.eg.db 之前，需要保證該包所依賴的其他 R 包同樣被安裝至本地計算機(jī)。

解決方法：如果缺少某個依賴包，可以使用 install.packages() 函數(shù)安裝缺失的包。

3、包版本不兼容

在某些情況下，org.Hs.eg.db 包的版本可能與其他相關(guān)的 R 包存在兼容性問題。此時需要升級或降級 org.Hs.eg.db 包以解決兼容性問題。

解決方法：如果出現(xiàn)兼容性問題，可以嘗試使用 BiocManager::install() 函數(shù)安裝或更新 org.Hs.eg.db 包。

4、路徑問題

路徑問題是比較常見的導(dǎo)致包載入失敗的原因之一。在載入 org.Hs.eg.db 包之前，需要確認(rèn)路徑是否正確，并且當(dāng)前用戶是否具有訪問該路徑的權(quán)限。

解決方法：確認(rèn)路徑是否正確，并授予當(dāng)前用戶訪問該路徑的權(quán)限。

二、org.Hs.eg.db包簡介

1、安裝載入

if("org.Hs.eg.db" %in% rownames(installed.packages()) == FALSE) {source("http://bioconductor.org/biocLite.R");biocLite("org.Hs.eg.db")}
suppressMessages(library(org.Hs.eg.db))

2、查看該包所有的對象

ls("package:org.Hs.eg.db")

功能：可以用來進(jìn)行基因ID的轉(zhuǎn)換

org.Hs.egACCNUM：將 Entrez Gene ID 映射到 GenBank 序列訪問號org.Hs.egALIAS2EG：將基因符號映射到 Entrez Gene IDorg.Hs.eg.db：Bioconductor注釋數(shù)據(jù)包org.Hs.egCHR：將 Entrez Gene ID 映射到染色體編號org.Hs.egCHRLENGTHS：包含了每條染色體長度的命名向量org.Hs.egCHRLOC：將 Entrez Gene ID 映射到染色體位置org.Hs.egENSEMBL：將 Ensembl 基因訪問號映射到 Entrez Gene IDorg.Hs.egENSEMBLPROT：將 Ensembl 蛋白質(zhì)訪問號映射到 Entrez Gene IDorg.Hs.egENSEMBLTRANS：將 Ensembl 轉(zhuǎn)錄本訪問號映射到 Entrez Gene IDorg.Hs.egENZYME：將 Entrez Gene ID 映射到酶名分類號org.Hs.egGENENAME：將 Entrez Gene ID 映射到基因名稱org.Hs.egGO：將 Entrez Gene ID 映射到Gene Ontology IDorg.Hs.egMAP：將 Entrez Gene ID 映射到細(xì)胞遺傳學(xué)圖譜的區(qū)段位置org.Hs.egMAPCOUNTS Number of：在 org.Hs.eg.db 包中的已映射鍵數(shù)org.Hs.egOMIM：將 Entrez Gene ID 映射到人類遺傳疾病 MIM IDorg.Hs.egORGANISM：org.Hs.eg 數(shù)據(jù)庫對應(yīng)的生物種類為人類org.Hs.egPATH：將 Entrez Gene ID 映射到 KEGG 通路 IDorg.Hs.egPFAM：將基因訪問號映射到 PFAM IDorg.Hs.egPMID：將 Entrez Gene ID 映射到 PubMed 文獻(xiàn) IDorg.Hs.egPROSITE：將基因訪問號映射到 PROSITE IDorg.Hs.egREFSEQ：將 Entrez Gene ID 映射到 RefSeq 序列訪問號org.Hs.egSYMBOL：將 Entrez Gene ID 映射到基因符號org.Hs.egUNIGENE：將 Entrez Gene ID 映射到 UniGene 群集訪問號org.Hs.egUNIPROT：將 Uniprot 訪問號映射到 Entrez Gene IDorg.Hs.eg_dbconn：收集有關(guān)包注釋數(shù)據(jù)庫的信息

3、示例

用mget函數(shù)：

myEIDs <- c("1", "10", "100", "1000", "37690")mySymbols <- mget(myEIDs, org.Hs.egSYMBOL, ifnotfound=NA)  #myEID是自己的ID，org.Hs.egSYMBOL是其中的一個對象mySymbols <- unlist(mySymbols)

用select函數(shù)：

myEIDs <- c("ENSG00000130720", "ENSG00000103257", "ENSG00000156414")cols <- c("SYMBOL", "GENENAME")select(org.Hs.eg.db, keys=myEIDs, columns=cols, keytype="ENSEMBL")  #生成數(shù)據(jù)框

延伸閱讀1：數(shù)據(jù)分析常用R包

dplyr包ggplot2包stringr包data.table包tidyr包caret包cluster包和factoextra包arules包和arulesViz包