如何使用python繪制gwas分析中的曼哈頓圖和qq圖

1、一共是4列（逗號分隔），分別為：[1]染色體編號，[2]SNP rs 編號，[3] 位點在染色體上的位置，[4]顯著性差異程度（pvalue）。在本例曼哈頓圖中我們只需要使用第1，3和4列；而QQ圖則只需要第4列——pvalue。

2、Python可以用在多種平臺上，包括Windows、Macintosh和各種常見的UNIX系統(tǒng)。另外針對PalmOS 和微軟的Pocket PC的相應版本也在開發(fā)中。

3、標識放造成的。Guido 決心在Python 中避免這一錯誤。同時，他還想實現(xiàn)在ABC 中閃現(xiàn)過但未曾實現(xiàn)的東西。

4、在R中進行整理，pmap格式在下面帖子中有詳細介紹。第一列為SNP的ID，第二列為chr，第三列為SNP的位置，第四列開始為每個性狀的SNP的P值。

5、本文我們直接使用該包中的例子進行講解（畢竟我也沒有可以繪圖的GWAS數(shù)據(jù)哈哈哈）。沒有安裝的可以先輸入 install.packages(qqman) 安裝該包。

6、所以，在分析GWAS時，我們?nèi)绾未_定找到的SNP位點是和我們關心的性狀顯著相關，而不是遺傳漂變呢，從QQ-plot可以得到這一信息。Q-Q plot 即Quantile-Quantile Plot。

好物分享——R語言版本的bedtools

1、bedtools 是一個非常香的工具，幾乎是人盡皆知，是一個強大的處理bed等文件的工具，正如其自己描述的一樣： a powerful toolset for genome arithmetic 。

怎樣批量計算基因編碼區(qū)長度

1、我們可以比較一下使用相同注釋文件時，兩個程序計算的基因長度是否一致。查看基因 ENSMUSG00000000004 ：可以發(fā)現(xiàn) featureCoutns 輸出的基因長度與我們計算的一致，這是由于 featureCounts 也是采用非重疊外顯子作為基因長度。

2、定量PCR產(chǎn)物：使用比較標準物或內(nèi)參基因等方法對PCR產(chǎn)物進行定量。常見的方法包括熒光定量PCR、實時熒光定量PCR等。計算等長目的基因數(shù)量：根據(jù)定量PCR結果，結合PCR擴增效率和起始DNA模板濃度，可以計算出等長目的基因的數(shù)量。

3、基因編碼區(qū)：外顯子單獨提取，例如trnK-UUU-trnK-UUU-1?；蚍蔷幋a區(qū)：包括嵌套基因外顯子之間的區(qū)域，例如trnK-UUU-2-matK、matK-trnK-UUU-1；包括內(nèi)含子。

4、則有mRNA上堿基數(shù)量 30*3=90個 終止密碼為三個mRNA上特定的堿基決定的，故需要再加上3個堿基 該多肽mRNA上堿基數(shù)量為90+3=93個 一個雙鏈的DNA轉錄成一個單鏈的mRNA則DNA上基因的長度為mRNA上堿基數(shù)為93對。

5、基因的結構包括編碼區(qū)和非編碼區(qū)。而真核生物的基因的編碼區(qū)是不連續(xù)的，又包括外顯子和內(nèi)含子。外顯子是編碼區(qū)內(nèi)的有效編碼序列，內(nèi)含子是編碼區(qū)中的非編碼序列。

探針尋找之旅(8)——RIdeogram繪制染色體探針分布圖

數(shù)據(jù)導入 → ideogram畫圖，輸出svg文件 → convertSVG將svg轉為png 想要查看所需要的不同文件的格式，可以打開R安裝目錄中 D：\R\library\RIdeogram\doc\RIdeogram.R 文件，并運行一下，既可以看到不同文件的格式。

參考： https：//cran.r-project.org/web/packages/RIdeogram/vignettes/RIdeogram.html 如果物種不是人的，那么需要自己準備染色體核型文件和染色體基因密度文件。

這樣，嫦娥奔月的8日之旅也就完成了。 “嫦娥一號”有四大任務：為月球畫一張三維圖，繪制月球上14種元素的全球分布圖；測量月壤的厚度，了解氦-3資源情況；探測4到40萬公里范圍內(nèi)的地月空間環(huán)境。