如何用命令對fasta格式的序列按長短排序

-n 設(shè)定排序方式按short reads的ID排序。默認(rèn)下是按序列在fasta文件中的順序(即header)和序列從左往右的位點排序。

NCBI BLAST程序可以在命令行中使用，通過輸入FASTA格式的序列文件和指定相應(yīng)參數(shù)來進(jìn)行序列比對和分析。對于需要處理大于100條序列的情況，可以將這些序列保存在一個FASTA文件中，并在命令行中指定該文件路徑即可。

fasta是常用的序列存儲格式，軟件對序列進(jìn)行快速查找的時候通常需要建立索引文件，例如在GATK、IGV等軟件中導(dǎo)入序列的時候都需要建立索引。

Linux的shell文件如何來執(zhí)行命令添加計劃任務(wù)?

用戶任務(wù)調(diào)度：用戶定期要執(zhí)行的工作，比如用戶數(shù)據(jù)備份、定時郵件提醒等。用戶可以使用 crontab 工具來定制自己的計劃任務(wù)。所有用戶定義的crontab文件都被保存在/var/spool/cron目錄中。

linux shell腳本執(zhí)行方法一： 切換到shell腳本所在的目錄(此時，稱為工作目錄)執(zhí)行shell腳本：cd /data/shell ./hello.sh ./的意思是說在當(dāng)前的工作目錄下執(zhí)行hello.sh。

這些目錄中的文件應(yīng)該是 shell 腳本，并且具有可執(zhí)行權(quán)限(chmod +x filename)。如果某 cron 任務(wù)需要根據(jù)調(diào)度來執(zhí)行，而不是每小時、每日、每周、或每月地執(zhí)行，它可以被添加到/etc/cron.d目錄中。

crontab命令格式為： crontab [-u username] [file] [ -e | -l | -r ] 設(shè)置定時任務(wù)和時間緊密相關(guān)，如果服務(wù)器的時區(qū)時間設(shè)置和本地不同，就不能保證計劃任務(wù)的正確執(zhí)行。所以使用crontab的第一步，是調(diào)節(jié)好服務(wù)器的時間。

首先，連接相應(yīng)linux主機，進(jìn)入到linux命令行狀態(tài)下，等待輸入shell指令。在linux命令行下輸入shell指令：crontab -e，進(jìn)入crontab編輯狀態(tài)。

建議： 將需要定期執(zhí)行的任務(wù)寫入腳本中， 建立/scripts目錄統(tǒng)一存放腳本， 腳本中命令必須使用絕對路徑，手動執(zhí)行腳本檢測輸出是否正常， 然后將腳本加入計劃任務(wù)測試， 測試后無問題將腳本輸出寫入對應(yīng)的日志文件中即可。

linux查找目錄下的所有文件中是否含有某個字符串

1、linux系統(tǒng)自帶的grep命令是一個強大的搜索工具，可以從各文件中查詢匹配的字符信息。

2、表示當(dāng)前目錄所有文件，也可以是某個文件名。grep命令的常用格式為：grep [選項] ”模式“ [文件]。

3、步驟詳解格式：grep “要查找的字符串” 文件名 例子：grep 19160.1 /etc 文件名可以使用基本正則表達(dá)式（BRE），例如， 查找test目錄下的所有文件，是否包含字符串。

4、Linux 系統(tǒng)中可以使用 grep 命令實現(xiàn)該功能。例如：grep my_string *.txt 其中：$ 表示普通用戶的提示符，該命令的作用是：在所有的文本文件(*.txt)中查找出包含有my_string字符串的文本文件，并顯示在顯示器上。

linux新建文件命令是什么?

終端下鍵入：touch加文件名，這樣就創(chuàng)建了一個文件。用ls命令即可查看剛剛創(chuàng)建的文件。然后就可以隨意編輯這個文件了。

Linux文件和目錄的新建命令有：touch、mkdir、cp、mv等。

創(chuàng)建文件夾使用【mkdir x】命令；創(chuàng)建文件使用【touch x/a.txt】命令；刪除文件夾使用【rm -rf x/】命令 。